A tranzitus szertartás központi eleme a 141. zsoltár, amit a szerzetesek a szent halálos ágyánál énekeltek. Annál a sornál, amikor Ferenc meghalt, a közösség tagjai letérdelnek, a templom elsötétül, majd a zsoltár végén kitárt karral csendes imádság következik. A szertartást a Szent Ferenc-ereklye előtti tiszteletadás és a közösség vezetőjének ünnepélyes áldása zárja.
Szent Ferenc boldog halálára Mátraverebély–Szentkúton október 3-án 17 órakor, a Ferenciek terén szintén október 3-án a 18.30 órai, a Margit körúti templomban pedig október 4-én, a 18 órai szentmisén emlékeznek. Természetesen a tranzitus szertartást a többi ferences templomban is megtartják e napokban. A ferences iskolák diákjai számára az ünnephez kapcsolódóan lelkigyakorlatot szerveznek a testvérek.
Rend- és kortársainak feljegyzései (Fioretti) szerint Ferenc halála előtt magához hívta egyik társát, és így szólt hozzá: „Drága testvérem, Isten kinyilatkoztatta nekem, hogy ebben a betegségben néhány napon belül meghalok. Tudod, hogy Settesoli Jacopa asszony mennyire tiszteli és szereti rendünket, s nagyon fájna neki, ha nem lehetne jelen halálomnál. Értesítsük tehát, ha életben akar még látni, jöjjön.”
A testvér elhozta az írószerszámokat, Szent Ferenc pedig ezt a levelet diktálta: „Jacopa Asszonynak, Isten szolgálóleányának, fráter Ferenc, Krisztus szegénye, a mi Urunk Jézus Krisztusban üdvöt és a Szentlélek közösségét kívánja! Tudd meg, kedvesem, az áldott Krisztus az ő végtelen kegyelmében kinyilatkoztatta nekem, hogy rövidesen itt lesz életem vége. Ha tehát még élve akarsz látni, azonnal indulj el, és jöjj az Angyalos Boldogasszony klastromába. Hozz magaddal darócot, amelybe majd testemet belecsavarják, valamint viaszgyertyát, amennyi a temetésemhez szükséges. Kérlek arra is, hozzál abból a süteményből, amit készíteni szoktál, amikor Rómában beteg voltam.”
Ám a levélírás közben Isten tudtára adta Ferencnek, hogy Jacopa asszony már közeledik a kolostorhoz, és magával hozza mindazt, amit a levélben kért tőle. Erre odaszólt a rendtársának, hogy hagyja abba az írást. Nagyon meglepődtek a jelenlévők, vajon miért nem fejezi be, és miért nem akarja elküldeni a levelet. Kis idő múlva erősen zörgettek. Amikor a kapus kaput nyitott, ott állt a római nemes asszony. Jöttén Szent Ferenc lelkét nagy öröm és vigasztalás töltötte el, s Jacopa asszony is boldog volt, hogy életben találta, és beszélgethetett vele. Akkor aztán elmondta, hogy Rómában imádság közben Isten értésére adta, hogy Ferenc halálán van, és érte akar küldeni, és kérni akarja azokat a dolgokat, amiket, mint mondta, magával hozott. Meg is kínálta a haldoklót. Ferenc evett, és ettől megerősödött. Jacopa asszony pedig eléje térdelt, átfogta Krisztus sebeivel ékesített lábait, és oly nagy áhítattal csókolta, és öntözte könnyeivel, hogy a körülöttük álló frátereknek úgy tűnt, mintha Magdolnát látnák Krisztus lábainál, és semmi módon nem tudták elszakítani onnan.
Hosszú idő után végül mégis fölemelték, félrevonták. Ferenc halálakor nemcsak Jacopa asszony és kísérete, hanem számos assisi polgár is látta, és megcsókolta a dicsőséges sebhelyeket, többek között Szent Klára és nővértársai is, akik a szent temetésén is jelen voltak.
Szent Ferenc 1226. október 3-án, szombaton költözött el e világból, és másnap, vasárnap volt a temetése. Ez volt huszadik esztendeje megtérésének, vagyis amióta megkezdte a vezeklő életet. A szent sebhelyek elnyerése óta két év, születése óta pedig negyvenöt esztendő telt el –olvasható a Fiorettiben.
