A háború után a totális hatalom megszerzésére törekvő kommunista vezetők konkurenst láttak a nép által szeretett ferences barátokban. Kiiktatásuk leghatásosabb eszköze a koncepciós perek gyártása volt. Így történt Gyöngyösön is, ahol Kiss Szaléz 1945-ben megszervezte a Keresztény Demokratikus Ifjúsági Munkaközösséget, amely a város fiatalságát fogta egybe. A kommunista ifjúsági szervezet népszerűség tekintetében nem vetekedhetett Szaléz atya mozgalmával, ezért koholt vádak alapján 1946. április 28-án letartóztatták. Azzal gyanúsították, hogy részt vett szovjet katonák meggyilkolásában, és fegyveres összeesküvést szervezett. A bírósági jegyzőkönyv szerint Szaléz atya előre megígérte, hogy feloldozza a diákokat, ha elkövetik a gyilkosságot, illetve beszámolt arról is, mit gyóntak neki vádlott társai. A per jogi vizsgálata azonban bebizonyította, hogy a vallomás jelentős része nem Szaléz atyától származik. A papot a börtönben több mint kétszáz napon át kínozták és a felismerhetetlenségig verték, de a gyónási titkot nem árulta el, a szembesítéskor pedig kijelentette: a jegyzőkönyvet a kínzások hatására írta alá, abból semmi sem igaz. A tárgyalást magyarul nem tudó szovjet katonák megfelelő tolmács nélkül vezették.

A szovjet hadbíróság 1946. december 10-i ítélete alapján végezték ki Sopronkőhidán, de előtte még megásattak vele a saját sírját. Negyvenkét éves volt. Szaléz atya vértanúságának 65. évfordulója alkalmából, 2011-ben emléktáblát avattak a sopronkőhidai börtön homlokzatán.

Halála óta rendtársai a gyónási titok vértanújaként tisztelik. A per koncepciós jellege és a gyónás szentségének kipellengérezése mutatja a tudatos egyházellenességet, Szaléz atya szenvedésvállalása pedig a hit tisztaságáért hozott áldozat.